دانشگاه مرسین با قانون شماره 3837 که در تاریخ 3 ژوئیه 1992 به تصویب مجلس بزرگ ملی ترکیه رسید تأسیس شد و در 10 نوامبر 1992 فعالیت خود را آغاز کرد.

در سال تحصیلی 93-94 فعالیت آموزشی و تربیتی خود را با پذیرش دانشجو در دانشکده های علوم و ادبیات، دانشکده هنرهای زیبا، دانشکده علوم اقتصادی و اداری، دانشکده فنی، دانشکده جهانگردی و هتلداری، دانشکده گردشگری و هتلداری، آغاز نمود. مدرسه حرفه ای مرسین، مدرسه حرفه ای گلنار، مدرسه حرفه ای موت، مدرسه حرفه ای تارسوس، و همچنین برای برنامه های تحصیلات تکمیلی در موسسات علوم اجتماعی و علوم طبیعی

این دانشگاه از بدو تأسیس تاکنون تعداد دانشکده های خود را به 17 دانشکده، مدارس را به 7، آموزشگاه های حرفه ای را به 11، مؤسسه ها را به 5 و مراکز تحقیقاتی را به 40 افزایش داده است.