دانشگاه اوکان استانبول توسط بنیاد فرهنگ، آموزش و ورزش اوکان در سال 1999 تاسیس شد. این بنیاد در سال 1986 برای انجام تحقیقات در زمینه های اجتماعی، فرهنگی و اقتصادی، ایجاد راه حل برای مشکلات و کمک به دولت در اجرای این راه حل ها تاسیس شد.

این دانشگاه در سال تحصیلی 2003-2004 شروع به تحصیل کرد. از جمله اولین دانشکده هایی که افتتاح شد، دانشکده علوم اقتصادی و اداری، دانشکده هنر و علوم و دانشکده فنی و مهندسی و معماری بودند. در همین سال مؤسسه‌های علوم اجتماعی و علوم طبیعی نیز تأسیس شد. در میان اولین دانشجویان، کسانی بودند که از بین 1100 نامزد برتر ترکیه انتخاب شدند و دانشگاه اوکان استانبول به سرعت به رتبه 7 برتر در بین دانشگاه های بنیاد ارتقا یافت.

در سال 2010، این دانشگاه با امضای قراردادهای آموزشی با چین و روسیه، همکاری های بین المللی خود را گسترش داد. در سال 2011، اولین مرکز فرهنگ روسیه استانبول در داخل دانشگاه افتتاح شد. در سال 1391 انستیتوی علوم بهداشتی و آموزشکده خدمات بهداشتی حرفه ای آموزش خود را آغاز کردند.

در سال 1392 پایه های دانشکده پزشکی و دندانپزشکی گذاشته شد و فعالیت های آموزشی آغاز شد. این دانشگاه در سال تحصیلی 1393-1393 با 8 دانشکده، 2 هنرستان، و 2 دبیرستان حرفه ای به تحصیل ادامه داد. در همان سال، اولین دانشگاه ترکیه بود که دارای استاندارد امنیت اطلاعات ISO 27001 بود.